Początki naszej szkoły sięgają 11 września 1965 roku. To właśnie wtedy otworzono Szkołę Podstawową nr 5, która była drugą tysiąclatką w Kołobrzegu i została wybudowana w ramach programu oświatowego „Tysiąc szkół dla uczczenia Tysiąclecia Państwa Polskiego” realizowanego w czasie obchodów jubileuszu. Zgodnie z duchem czasu nadano jej imię działacza komunistycznego Marcelego Nowotki. Pierwszym kierownikiem szkoły został pan Józef Sać. Dziesięć lat później Komitet Rodzicielski ufundował szkole sztandar. Od samego początku w szkole istniały liczne koła zainteresowań, drużyna harcerska, chór. Odpowiadając na potrzeby mieszkańców, w szkole utworzono ognisko przedszkolne, a następnie przedszkole.
W 1973 roku szkoła została przekształcona w Zbiorczą Szkołę Gminną.
W 1999 roku w wyniku reformy oświaty ośmioletnia szkoła podstawowa została przekształcona w szkołę sześcioletnią.
Z inicjatywy pani dyrektor Hanny Rydzykowskiej-Fortuny w 2001 roku w szkole powstały pierwsze w Kołobrzegu oddziały integracyjne, dzięki którym dzieci o specjalnych potrzebach edukacyjnych mogą poznawać świat wspólnie ze swoimi rówieśnikami.
Na wniosek Samorządu Uczniowskiego od 4 listopada 2005 roku naszym patronem jest Święty Jan Paweł II, do którego nawiązuje również szkolny hymn.
Kolejnym etapem rozwoju naszej placówki było utworzenie Oddziału Wczesnego Wspomagania Rozwoju Dzieci z Autyzmem i Pokrewnymi zaburzeniami.
13 grudnia 2008 roku oficjalnie otwarto kompleks sportowy zrealizowany w projekcie „Moje Boisko – Orlik 2012”.
Reforma oświaty wprowadzona w 2017 roku przywróciła ośmioklasowy system kształcenia.
Dzięki zaangażowaniu nauczycieli i uczniów Szkoła Podstawowa nr 5 z Oddziałami Integracyjnymi może szczycić się licznymi certyfikatami: „Szkoła z Klasą”, „Szkoła w Ruchu”, „Szkoła Odkrywców Talentów”, „Ortograffiti”, „Szkoła Przyjazna Osobom Niewidomym”.